雨がまったく降らない町に住むエイプリルと、雨ばっかりの町に住むメイ。サンダーバニーは２人と共に、このおかしな天気の謎をつきとめようと、ぴょんぴょん大冒険に出発します。そこで３人が出会ったのは大きな雨雲ネコの「ワンダーミュー」。空で大暴れして雷を落としたり大雨を降らせたりするワンダーミューでしたが、それにはわけがあったのです…。